Cumhuriyet Türkiyesi'nin ilk büyükelçiliklerinden biri Tallinn'de açılmıştır. Elçi Nuri Batu'nun Atatürk'ün imzasını taşıyan itimatnamesinin (güven mektubu) aslı Estonya arşivlerindedir.
  
                   TÜRKİYE-ESTONYA İLİŞKİLERİ

Türkiye, 23 Ocak 1924 tarihinde Estonya Cumhuriyeti'nin bağımsızlığını tanımıştır.  1939'da Almanya ve 1940'ta Sovyet işgali ile bağımsızlığını yitiren Estonya, Sovyet Rusya'nın dağılmasıyla tekrar bağımsızlığını elde etmiş ve iki ülke arasındaki diplomatik ilişkiler 23 Ekim 1991 tarihinde yeniden kurulmuştur. Türkiye hiçbir zaman Estonya'nın Sovyetler Birliği tarafından işgalini tanımamıştır. Estonya'nın özgürlüğünü geri almasından sonra 1992'de Türkiye, Estonya'ya Vilnius'ta ikamet eden ilk büyükelçisini atamıştır. Daha sonra Ekim 2001'de Tallinn de elçiliğini açmıştır. Aralık 2001'de Türkiye, Estonya Büyükelçisi Ömer Altuğ, Cumhurbaşkanı Arnold Rüütel'e itimatnamesini sunmuştur. Tallinn'de ikamet eden Sven Jürgenson Haziran 1996'da Estonya'nın Türkiye'deki ilk büyükelçisi olmuştur. Onu Ocak 1999'da Madrid'de ikamet eden Andres Tomasberg izlemiştir. Şubat 2001'de maslahatgüzarlar, Heikki Koort ve Linda Kolk'un başkanlığında Estonya Büyükelçiliği Ankara'da açılmıştır. Ankara'da ikamet eden ilk Estonya Büyükelçisi Mart Volmer Temmuz 2004'de Ankara'ya gelmiştir. Estonya'nın Türkiye'de üç tane fahri konsolosluğu bulunmaktadır. İlki, Ağustos 2001'de İstanbul'da açılan ve Tuncay Özilhan'ın görev yaptığı fahri konsolosluktur. İkincisi Ekim 2002'de açılan ve Ethem Okudur'un görevli olduğu tatil beldesi Antalya'da bulunan fahri konsolosluktur. Ağustos 2003'te fahri konsolosu Eşref Baltalı olan üçüncü fahri konsolosluk İzmir'de açılmıştır. Türkiye-Estonya parlamento grubu Haziran 2003'te Estonya Parlamentosu olan Riigikogu'da oluşturulmuştur. 

ÖNEMLİ RESMİ ZİYARETLER VE GÖRÜŞMELER 

ESTONYA'DAN TÜRKİYE'YE 
Aralık 1993; Cumhurbaşkanı Lennart Meri 
Haziran 1994; Dışişleri Bakanı Jüri Luik Istanbul'da yapılan NATO ve NACC dışişleri bakanları toplantısına katılmıştır. 
ekim 1995; Dışişleri Bakanı Riivo Sinijärv 
Ocak 1997; Estonya Parlamentosu Başkanı Toomas Savi 
Ekim 1998; Cumhurbaşkanı Lennart Meri 
Kasım 1999; Başbakan Mart Laar ve Dışişleri Bakanı Toomas Hendrik Ilves İstanbul'da yapılan OSCE zirve toplantısına katıldılar.
 Ekim 2001; Dışişleri Bakanı Toomas Hendrik Ilves Ağustos 2003; Dışişleri Bakanı Kristiina Ojuland 
Nisan 2004; Dışişleri Bakanı Kristiina Ojuland 
Şubat-Mart 2005; Riigikogu'nun Estonya ve Türkiye parlamenter grubu 
Eylül 2005; Cumhurbaşkanı Arnold Rüütel 

TÜRKİYE'DEN ESTONYA'YA 
Temmuz 1994; Dışişleri Bakanı Hikmet Çetin 
Haziran 1997; Cumhurbaşkanı Süleyman Demirel Haziran 2000; Dışişleribakanı İsmail Cem 
Nisan 2002; Cumhurbaşkanı Ahmet Nezdet Sezer Ağustos 2002; Savunma Bakanı Sabahattin Çakmakoğlu Haziran 2004; Estonya-Türkiye Avrupa Birliği müzakereleri
 Eylül 2004; Dışişleri Bakanı ve Başbakan Vekili Abdullah Gül 
Şubat 2005; Estonya ve Türkiye Dışişleri Bakanlıkları konsolosluk müzakereleri 

ANLAŞMALAR 
1924 yılında Estonya-Türkiye dostluk anlaşması imzalanmıştır. Türkiye ve Estonya arasında 1929 yılından 1938 yılına kadar altı tane daha anlaşma imzalanmıştır. Günümüze kadar iki ülke, Estonya ve Türkiye arasında çift taraflı başarılı işbirliği kurulmasına yardımcı olmuş çeşitli anlaşmalara girmişlerdir. Şu anda Estonya ve Türkiye arasında yürürlükte olan 14 tane anlaşma bulunmaktadır. Dört anlaşma ise hazırlık aşamasındadır. Aşağıdaki listeler Estonya ve Türkiye arasında yürürlüğe girmiş anlaşmalardır:
 Dostluk ve İşbirliği Anlaşması (26.04.1995) 
Ticaret ve Ekonomik İşbirliği Anlaşması (15.02.1996) Uluslararası Yol Taşımacılığı Anlaşması (15.02.1996) Turizm Alanında İşbirliği Anlaşması (15.02.1996) Diplomatik Pasaport Sahiplerinin Vize Gerekliliklerinin Karşılıklı Feshini İçeren Anlaşma (14.02.1997) Gümrükler Yönetimleri Arasında Karşılıklı Yardım Hususunda Anlaşma(06.12.1998) 
Karşılıklı Teşvik ve Yatırımların Korunmasını İçeren Anlaşma (29.04.1998) 
Kültür, Ekonomi, Bilim ve Spor Alanlarında İşbirliği Anlaşması (22.09.1999)
 Uluslar Arası Yasadışı Uyuşturucu Maddelerin Trafiği, Uluslar Arası Terörizm ve Organize Suçlarla Mücadele Konularında İşbirliği Anlaşması (27.09.2001) 
Savunma Anlaşması (31.10.2002) 
Gizli Bilgilerin Korunması Anlaşması (27.001.2003) 
Hava Taşımacılığı Anlaşması (27.09.2004)
 Gelirler ve Sermaye Üzerinden Vergiyle İlgili Olarak Çifte Vergilendirmeden Kaçınılması ve Vergi Kaçırmanın Önlenmesi Hakkındaki Anlaşma (21.02.2005) 
Kültür, Ekonomi, Araştırma, Gençlik ve Spor Alanlarında İşbirliği Programı (28.11.2005) 

Aşağıdaki dört anlaşma hazırlık aşamasındadır: 
Sağlık Alanında İşbirliği Anlaşması 
Konsolosluk Anlaşması 
Askeri Eğitim Alanları Hakkında İşbirliği anlaşması
 Deniz Taşımacılığı Alanında Anlaşma 

KARŞILIKLI İŞBİRLİĞİ 
Estonya ve Türkiye arasındaki ilişkiler olumludur ve istikrarlı bir şekilde gelişmektedir. Siyasal, savunma, ekonomik ve kültürel alanlarda yapılan işbirliğindeki sürekli gelişim Estonya için gereklidir. Estonya ve Türkiye arasındaki karşılıklı anlayış, jeo-stratejik benzerlik, birçok uluslararası konuda benzer konumlar ve uluslararası örgütlerde yapıcı işbirliğiyle arttırılmıştır. NATO ülkesi olarak Türkiye, Estonya'nın NATO'ya katılmasını en yüksek seviyede desteğiyle defalarca bildirmiş ve ortaya koymuştur. Ziyaretleri sırasında Türkiye Cumhurbaşkanı, Başbakanı, Savunma Bakanı ve Dışilişkiler Bakanı Estonya'nın NATO'ya kabul edilmesi yönündeki desteklerini dile getirmişlerdir. 5 Aralık 2003'te Türkiye Büyük Millet Meclisi, Estonya'nın NATO'ya kabul protokolünü onaylamıştır. Türkiye ve Estonya Dış İşleri Bakanları Haziran 1997'de Siyasal Müzakere Mekanizması'nın kuruluşu hakkındaki protokolü imzalamışlardır. Bu protokolden kaynaklanarak taraflar arasındaki görüşmeler yılda en az bir kere gerçekleştirilebilir. Bugüne kadar altı görüşme gerçekleştirilmiştir, en yakın zamanda olanı Haziran 2004'de Tallinn de gerçekleştirilen Avrupa Birliği meselelerine odaklanan görüşmedir. Şubat 2005'te Türk tarafının girişimleriyle Estonya ile vize kolaylaştırması anlaşmasını amaçlayan konsolosluk müzakereleri yürütülmüştür. 

SAVUNMA İŞBİRLİĞİ
 İki ülke arasındaki savunma ile ilgili bağlantılar 1995-1997 ilişkilerinin başlangıç aşamasında yakınlaşmıştır. 1995 yılında Estonya Savunma Bakanı Andrus Öövel Türkiye yi ziyaret etmiştir. Estonya Dış İşleri Bakanı Toomas Hendrik Ilves ekim 2001'de Türkiye'yi ziyaret etmiş ve bu zaman zarfında Türkiye Savunma Bakanı Sabahattin Çakmakoğlu ile de tanışmıştır. Ağustos 2002 yılında Estonya Savunma Bakanı Sven Mikser'in daveti üzerine Türkiye Savunma Bakanı Sabahattin Çakmakoğlu, Estonya'yı ziyaret etmiştir. Bu ziyaret süresinde savunma konularını ele alan işbirliği anlaşmasının çatısını imzalanmıştır. Savunma konularını içeren işbirliği anlaşmasının amacı, karşılıklı olarak askeri eğitimin, taraflar arasında teknolojik ve bilimsel işbirliğinin teşvik edilmesi, askeri eğitim ve öğrenimin yanı sıra savunma ve güvenlik politikalarında işbirliğinin geliştirilmesi, desteklenmesi ve gerçekleştirilmesi temelindedir. Ayrıca çevrenin korunması ve diğer çeşitli alanlara da odaklanmaktadır. Estonya'nın Türkiye ile çift yönlü savunmaya dayalı işbirliği projeleri bulunmamaktadır. Öte yandan Estonyalı yetkililer son yıllarda Türk Pfp merkezinde kurslara katılmışlardır. 2003 yılının başında Savunma Bakanı'nın temsilcisi Türkiye'deki NATO Taktiksel CIMIC Kursuna katılmıştır. Türkiye, Helsinki de ikamet eden Yarbay Ahmet Eran'ı Ağustos 2003 tarihi itibariyle Estonya'ya askeri ateşe olarak atamıştır. 

EKONOMİK İLİŞKİLER: 
TİCARET: Estonya ve Türkiye arasındaki ticaret hacmi son yıllarda belirgin bir şekilde büyümüştür. Bununla birlikte Estonya'nın ticaret ortakları arasında Türkiye'nin payı sade kalmıştır. Kaynak: Estonya İstatistik Ofisi 2004 yılında Türkiye, Estonya'nın 27.en büyük ticaret ortağı olarak sıralanmıştır: Estonya'nın toplam ihracatında % 0.6'lık payıyla 19. en büyük ihracat ortağı ve Estonya'nın toplam ithalatında % 0.3'lük payıyla 31. en büyük ithalat ortağıdır. 2005 yılında, Türkiye toplam ticaret bazında Estonya'nın en büyük 29. ortağı olmuştur: ihracatta %0.4 payla 23. ve ithalatta % 0.3 payla 29. olarak. 2004 Yılında Temel İhracat Malları: Kürk ve kürk ürünleri: % 42.2 Metal ve metal ürünler: %40.7 Kimyasallar, kimyasal ürünler: %11.2 2004 Yılında Temel İthalat Malları: Tekstil ve tekstil ürünleri: %33.1 Makine ve ekipman: % 27.1 İnci, kıymetli taşlar ve mücevher: % 8.2 Endüstri malları hususunda kısıtlamalar olmaksızın ticareti garanti eden ve Estonya kökenli birçok yiyecek maddesinin (örneğin çikolata ürünleri ve konserve balık gibi) ihracatı için oldukça uygun imkanlar veren Serbest Ticaret Anlaşması, Estonya ve Türkiye arasında 1998 yılından beri yürürlüktedir. Estonya ve Türkiye arasındaki devamlı müşterek komisyon toplantıları Serbest Ticaret Anlaşmasının çatısında meydana gelmektedir. Avrupa Birliği'ne kabul edildikten sonra Estonya birlik üyesi olmayan ülkelerle her türlü serbest ticaret anlaşmalarını sınırlandırmıştır. Bu yüzden Türkiye ile olan serbest ticaret anlaşmasını da diğer ekonomik anlaşmalarla birlikte sona erdirmiştir. Türkiye ve Avrupa Birliği arasında tarımsal ürünlerin ithalatı ve ihracatı konusunda serbest piyasa anlaşması olmadığı için Türkiye ile Estonya arasındaki Serbest Ticaret Anlaşması'nın sona erdirilmesi özellikle iki ülke arasındaki tarımsal ürünlerin ticaretini etkilemiştir. Bu kademeli bir süreçtir ve bu konu üzerindeki müzakereler gelecekte de devam edecektir. Estonya Ticaret ve Sanayi Odası ile İstanbul Ticaret Odası arasında 1993 yılında bir işbirliği anlaşması imzalanmıştır. Mart 2001'de Estonya ve Türkiye ekonomi komisyonları (ETMK) Tallinn'de gerçekleşmiştir. Haziran 2001'de bunun inisiyatifiyle Tallinn'de, Türk piyasasının tanıtımı için bilgi günü yapılmıştır. Şubat 2002'de ETMK, başkanlığını Raivo Vare'nin yaptığı geniş tabanlı Estonya ve Türk Ticaret Odası içinde yeniden düzenlenmiştir. Haziran 2002'de Türkiye Cumhurbaşkanı'nın resmi ziyareti sırasında Estonya ve Türk Ticaret Odası, eşlik eden Türk iş adamları delegasyonuna bir iş semineri gerçekleştirmiştir. 
YATIRIMLAR: Estonya'daki Türk yatırımları şu ana kadar küçüktür.